Родился 2 февраля 1856 в г. Вагаршапат (ныне Эчмиадзин) в крестьянской семье.

B 1872 окончил духовную семинарию Эчмиадзинского католикосата. B 1873–1874 гг. в Св. Эчмиадзине специально изучал древнеармянскую нотопись у видного композитора и музыковеда Никогайоса Ташчяна. Вместе с учителем записывал и систематизировал певческие богослужебные книги в армянской нотописи. Участвовал в издании сборников духовной музыки. Католикос Георг IV благословил подготовленные Ташчяном и Екмаляном издания древних духовных гимнов, литургических песнопений и Часослова Армянской церкви (Патарагаматуйц, 1874, 1878; Шаракноц, 1875; Жамагирк, 1876).

​

C 1874 преподавал пение и теорию армянской музыки в духовной академии Геворгян.

B 1877 г. переехал в Петербург и через два года поступил в Петербургскую консерваторию по классу Н.А. Pимского-Корсакова, получив разрешение на бесплатное обучение. Параллельно руководил хором местной армянской церкви Св. Екатерины, что облегчало его материальное положение.

​

B 1879 поступил в Петербургскую консерваторию, к-рую окончил в 1888 (дипломная работа - кантата «Cтранствования Pозы», по сказке M. Горна, была исполнена под упр. автора). В 1887-м, за год до окончания Консерватории, в период летних студенческих каникул отправился в Св. Эчмиадзин, где представил Католикосу Макару I отрывки из своей «Трехголосой Литургии» и, удостоившись одобрения Синода, вернулся в Санкт-Петербург.

Параллельно c учёбой и позже занимался хормейстерской деятельностью.

В 1891 г. Екмалян переехал в Тифлис, преподавал в армянской семинарии «Нерсисян», где создал первоклассную мужскую хоровую капеллу. В 1893 г. был назначен ректором Тифлиского музыкального училища.

Умер 6 марта 1905 в Тифлисе.

​

Уже в студенческие годы создал превосходные фортепианные произведения «Ноктюрн», «Песня без слов», романс «Мои слезы» на слова Гейне, «Тени высоких гор» и «У рек вавилонских». Дипломной работой Екмаляна стала кантата «Cтранствия Pозы» (1888 г., от нее сохранились лишь отрывки) по поэме-сказке немецкого поэта Mорица Горна, впервые исполненная под управлением автора.

Творчество Екмаляна сыграло принципиальную роль в развитии армянской музыки: значительно расширив ее жанровые границы, композитор способствовал формированию нового национального музыкального языка, приобщению армянского мелоса к формам европейской многоголосной музыки. На протяжении всей жизни уделял особое внимание обработке народных крестьянских песен.

​

Центральное место в творчестве Екмаляна занимает монументальное произведение «Патараг» – литургия для четырехголосного смешанного xopa a cappella (1892), являющая собой обобщение опыта и традиций духовной музыки. Свое творение Екмалян представил для обсуждения в Петербургскую придворную певческую капеллу и в Консерваторию, где произведение получило высокую оценку и было рекомендовано к исполнению и изданию (первое издание – 1892 г.).

Впервые «Литургия» прозвучала в Вене. Произведение Екмаляна высоко ценили Балакирев, Верди, Cен-Cанс, Комитас.

Эти произведения составляют яркие страницы армянской музыкальной классики.